Sfântul Nectarie s-a nascut într-o familie saraca de pe malul marii Marmara. Parintii sai, Dimos si Marie Kephala, i-au dat numele de Anastasie. La vârsta de 14 ani a plecat la Constantinopol ca sa lucreze si sa se scoleasca.

În 1866, la vârsta de 20 de ani, Sfântul Nectarie pleaca în insula Chios ca sa predea ca învatator. Aici devine calugar, cu numele de Lazar, la 7 noiembrie 1876, în celebra manastire Nea Moni. Un an mai tîrziu a devenit diacon, apoi, prin generozitatea unui crestin bogat din insula si cu ajutorul Patriarhului Sofronie al Alexandriei, a putut sa-si completeze studiile la Atena si sa obtina, în 1885, o diploma a Facultatii de Teologie din capitala Greciei.

Tot în acest an, 1885, Sfântul Nectarie pleaca la Alexandria (Egipt), unde a fost hirotonit preot la biserica Sfântul Nicolae din Cairo. Câtiva ani mai târziu, în 1889, a fost hirotonit episcop de Pentapole (episcopie corespunzând în acea vreme Libiei superioare) de catre Patriarhul Sofronie, care l-a numit si predicator, secretar patriarhal si reprezentant al sau la Cairo.

Dar dupa doar un an a fost alungat din Egipt în urma calomniilor unor clerici invidiosi. A trebuit sa se întoarca la Atena, singur, nebagat în seama, dispretuit, în mari lipsuri materiale. A ramas câtiva ani predicator (l891-1894), iar apoi a fost numit director al scolii teologice Rizarios, care forma viitori preoti. A ramas 15 ani în acest post ecleziastic.

În 1904, la cererea mai multor calugarite, a fondat manastirea "Sfânta Treime" din insula Eghina, devenita azi unul din marile locuri de pelerinaj din lumea ortodoxa. În decembrie 1908, la vârsta de 62 de ani, sfântul Nectarie si-a dat demisia din postul de director al scolii teologice si s-a retras în manastirea sa din Eghina, unde a ramas pâna la sfârsitul vietii.

A murit la 8 noiembrie 1920, în urma unui cancer de prostata care l-a chinuit un an si jumatate. A fost înmormântat în manastirea sa de catre ieromonahul iconar Sava, care mai târziu a pictat prima icoana a sfântului.

În 1953 moastele sale au fost mutate într-un mormânt mai frumos. Pomenirea mutarii moastelor sale se face în ziua de 3 septembrie.

Câtiva ani mai târziu, la 20 aprilie 1961, Patriarhia Ecumenica din Constantinopol a recunoscut cultul de care se bucura deja sfântul si l-a proclamat sfânt al Bisericii, cu pomenirea pe 9 noiembrie.